میکروسکوپ الکترونی Electron Microscope از جمله تجهیزات پیشرفته آزمایشگاهی می باشد که بدلیل ویژگی های برتر نسبت به میکروسکوپ نوری مورد استفاده قرار می گیرد. میکروسکوپ الکترونی با قابلیت بزرگ نمایی خیلی زیاد و رزولوشن و کیفیت تصویر عالی در بسیاری از صنایع ، آزمایشگاه ها و پژوهشگاه ها جهت بررسی های کریستالوگرافی، شناسایی مشخصات شیمیایی ، شناسایی مواد بیولوژیک ، سطوح شکست و قطعات نیمه هادی و بسیاری از کاربردهای دیگر مورد استفاده قرار می گیرد.
از اجزای اصلی میکروسکوپ الکترونی می توان به تفنگ الکترونی ، عدسی ها ، محفظه نمونه ، دوربین و سیستم خلاء آن اشاره کرد.
امروزه محصولات میکروسکوپ الکترونی ارائه شده از شرکت های معتبر جهان نظیر FEI ، Jeol و Hitachi که همگی از شرکت های بزرگ در زمینه تولید محصولات high-tech می باشند ، سهم بزرگی از بازار این محصولات در جهان را به خود اختصاص داده است.